Sunucu sipariş sırasında seçtiğiniz işletim sistemiyle kurulur. Ubuntu, Debian, AlmaLinux, Rocky Linux ve CentOS gibi Linux dağıtımlarının yanında Windows Server de seçilebilir; Windows Server, diski 40 GB ve üzeri olan paketlerde kullanılır ve YC paketlerinin hepsi bu koşulu karşılar. İşletim sistemini daha sonra yönetim panelinden yeniden kurabilirsiniz; yeniden kurulum diskteki tüm verileri siler.
Yönetimli hizmet almadıysanız işletim sistemi güncellemeleri, kurduğunuz yazılımlar, güvenlik ayarları ve yedekleme sizin sorumluluğunuzdadır. DDoS koruması ağ seviyesinde, veri merkezi tarafında sağlanır. Daha genel bir başlangıç için Standart VDS paketlerine de bakabilirsiniz.